新潟県
■新潟県立阿賀黎明中学校・高等学校
新潟・東蒲原郡阿賀町
長野県
■長野県屋代高等学校・附属中学校
長野・千曲市屋代
＊2012年（平成24年）、附属中学開校。これに伴い併設型中高一貫教育校に移行。長野県内初の併設型中高一貫教育校。
■長野県諏訪清陵高等学校・附属中学校
長野県諏訪市清水
＊2014年4月、長野県諏訪清陵高等学校附属中学校開校。これに伴い併設型中高一貫教育校に移行。長野県内2番目の併設型中高一貫教育校
■長野市立長野高等学校
長野・長野市徳間
＊2017年4月1日、長野市立長野中学校が開校予定。これに伴い併設型中高一貫教育校に移行。
＊県立長野高等学校とは別の高校。県立長野高校は別に存在する。
山梨県
■北杜市立甲陵高等学校／甲陵中学校
山梨・北杜市長坂町